日本位于亚洲大陆东边的太平洋上。日本的总面积约为378,000平方公里，与德国、芬兰、越南和马来西亚大致相同。其面积仅相当于美国的1/25，小于加利福尼亚州。日本与地中海以及北美的洛杉矶市大致处于同一纬度。

其领土由本州、北海道、九州和四国四个大岛组成（按从大到小的顺序），此外还包括众多较小的岛屿。太平洋位于日本以东，日本海和东中国海将日本与亚洲大陆分割开来。

日本多山，其间散落着平原和人口集中的山间盆地，而盆地只占25%。小部分可以开发居住的土地也在过去几百年中经历了反反复复的改造。通过建造堤防，从海里重新开发利用土地，通过建造排水系统，从三角洲中夺取土地，稻田可以建在山边的梯田上。随着海岸线的延伸和为了工业和港口的需要而开发的人工岛的不断增多，直到今天，这个开发的过程还在持续。丘陵和山地被夷为平地来建房。

日本的海岸线各具特色。在有些地方如千叶县的九十九里滨，长长的沙质海滩几乎呈一条直线，绵延伸展足有60 公里，而长崎县的海岸则以半岛、水湾和近海岛屿为特征，如五岛群岛、对马岛和壹岐岛，都位于该县境内。由于地壳的运动，以前的部分海岸线被海水所淹没，形成众多的水湾和峭壁，使得这一地区的海岸崎岖不平。
 

多火山的国家

日本的国土约有四分之三为山体所覆盖。本州中部地区被称为“日本屋脊”，许多山脉的海拔超过3,000米。

位于山梨县和静冈县的交界处的富士山，海拔3,776米，是日本海拔最高的山。山梨县境内的北岳，海拔3,192 米，是日本的第二大高峰。座落在长野县和岐阜县交界处的穗高岳则是第三大高峰，海拔3,190米。

由于地处环太平洋火山带，日本从最北端到最南端有多个火山区，通常认为有7个。在所有的火山中，约有80座为活火山，其中包括伊豆大岛上的三原山，长野县和群马县交界处的浅间山，以及熊本县境内的阿苏山。尽管日本仅占世界陆地面积的1/400，但在全球840座左右的活火山中，日本几乎占了1/10。富士山自1707年最后一次爆发以来一直处于休眠状态，很难说在我们的有生之年不会看到它再度爆发。

尽管火山会因其大规模的喷发而造成巨大的危害，但同时也创造出大量的旅游资源。 例如，日光、箱根和伊豆半岛等一系列旅游胜地便以其温泉和诱人的火山美景而闻名遐尔。

正如所有这些火山所验证的那样，日本群岛下面的地壳极不稳定，蕴涵着极其丰富的能量。因此，日本是最易遭受地震灾害的国家之一。日本每年发生有震感的地震1,000次之多。

根据美国地质服务机构，3月11日发生的地震是日本历史上记载中最严重的，也是继1900年以来全球第四大地震。地震袭击了距东京东北方向的231英里（373公里）地区，仙台市以东80英里（130公里）的地区，引发了几乎毁灭日本东北沿海地区的海啸。 地震后超过6里氏震度的余震有100多次，灾难剥夺了1万多人的生命。

在地震预知和研究上，日本为全球领先国家。凭着先进的科学技术，人们甚至可以在地震多发地区建造摩天大楼。 各个都市府县政府也花费大量的精力训练人们怎样抵抗地震，特别是训练人们怎样在比地震更可怕的火灾中迅速正确地行动，保护生命安全。
 

湍急的河流

日本最长的河流是信浓川，它从中部地区的山地出发，穿过新潟县，一路奔腾367公里，到达日本海。利根川是第二大河流，它流经关东平原融入太平洋。第三大河流是北海道的石狩川，全长268公里。

日本的河流走势陡峭，流势迅速，除了在低河段外，几乎不适合用来航行。大部分的河流长度不足300公里，但是从山上流下的流势可以受到很好的利用，适合于水力发电。 日本的水力发电资源几乎已被开采到极限。由于水流有季节性的变化，导致洪水控制措施得到了广泛的发展。