铁路

日本铁路的客运服务始于1872年，当时使用的是蒸汽机车，连接东京的新桥站至附近的城市横滨，由此开创了日本全国铁路网的建设新阶段。

目前，包括JR集团和其他铁路公司在内的整个铁路系的运行线路达27,000公里左右，其中JR 公司负责运行整个铁路里程的70％。2008年，日本铁路系统共运送旅客229.8亿人次，运送货物4623万公吨。

1988年，日本青函海底隧道贯通，将北部岛屿北海道与本州连为一体，而濑户大桥则实现了本州与四国岛的对接，至此，铁路终于将日本四大岛屿连接在一起。

日本现有九座城市开通了地铁线路。日本的第一条地铁是1927年开始运营的东京银座线的一段。东京现有13条地铁线，每天运送700 万人次。很多地铁线还与市郊铁路线相连，将运营业务拓展到郊区。

一直以来，日本都十分注重铁路运输的诸多优势，包括方便、高能效、低污染和安全。在一些大都市地区，铁路扮演着主要的运输角色，客运量极大。因此，日本铁路公司(JR)和私有铁路公司仍不断建造新的线路，通过在现有线路上增加轨道的方式来提高运力。随着单轨及其他各类铁路技术的运用，系统的多样化进一步促进了铁路系统的扩张。铁路公司正在加紧努力，通过安装电梯和自动扶梯等设施，改善中转运输的条件，方便老年人和残疾人进出车站。

新干线

日本新干线是一个高速铁路运营系统，由 6条常规线路（东海道新干线、山阳新干线、东北新干线、上越新干线、北陆新干线⟨开通至长野⟩、九州新干线）和2条通常被称为“小型新干线路”的线（秋田新干线、山形新干线）组成。常规线路的列车仅在新干线专用轨道上运行，而“小型新干线”的列车在新干线专用轨道和标准的慢速轨道上均可运行。这样，新干线从本州的最北端青森到九州的最南端鹿儿岛，以最高时速超过270km（168英里）的速度连接主要城市，作为日本的大动脉，发挥着重要作用。自1973年起，日本就开始计划增设几条其他新干线线路，这些线路的某些路段仍在施工当中。

东海道新干线沿500公里（311英里）的东京大阪走廊运行，这条线路长期以来一直被视为日本的交通大动脉。该线的列车运行时速最高可达270公里，东京和大阪之间的最短运行时间现为2小时25分。新干线自1964年投入运营以来，在高速运行、安全性、运输量和准时性方面都保持着非凡的记录。新干线每条路线平均每小时单程最多运行达14列，准确度维持在平均误点0.6-1分钟之内。并且，自开业以来，没有发生过一次列车冲撞、脱轨等死亡事故，在安全方面创立了令人钦佩的记录。

基于线性机车技术的新型新干线的开发仍在进行当中。这种列车可以通过磁能的作用而悬浮于轨道之上，最高时速可达550公里（342 英里）以上。如果这种“磁悬浮”列车在二十一世纪早期建成，东京和大阪之间的运行时间有望缩短为1小时左右，大约相当于喷气式飞机所需的时间。

机动车

日本于20世纪60年代开始建造高速公路（收费公路）。 东京和其他主要城市区域保持着一条覆盖范围广泛并不断延伸的高速公路网络，将城市中心与市郊连接在一起。

日本的高速公路建设面临着诸多的挑战：地貌特点、工厂和住宅的高度集中、沿线高昂的土地价格，抗震所需的道路加固等。其建造成本是世界上最高的，正因为如此，日本高速公路的收费标准也相应较高。尽管如此，高速公路却被广泛使用。

航空运输

目前，目前，日本全国有近100个机场（根据日本航空法基准），其中旅客流量最大的是位于东京羽田的东京国际机场。东京国际机场通常被称为羽田机场。于1931年启用的羽田机场是日本的首座商业机场，在 1978年东京新国际机场启用之前，一直担负着国内和国际航线的运营业务。成田机场正式运营之后，羽田机场成为以国内航线为中心的机场，而2010年第4条跑道开始启用，又充实了国际航线。除了首尔、上海、香港等亚洲城市，还有飞往洛杉矶纽约和巴黎等欧美主要城市的直达航班。

新东京国际机场也称成田机场，位于东京以东约66公里（41英里）的地方。成田机场自 1978年正式运营以来，作为日本的大门迎接了众多的海外旅客。2010年扩充了跑道，增加了航班。还开通了成田Sky Access特快列车，只需要36分钟便可以抵达东京都中心，越来越方便。

大阪国际机场也称伊丹机场。在1994年9 月关西国际机场启用前，一直担负着飞往关西地区的大多数国内航班和所有国际航班的业务。现主要用于国内航班起落。

关西国际机场坐落在大阪湾的人造岛。除了为更多的国际航空运营商提供延伸的业务和进出港服务之外，这座机场还是日本第一家全天24小时营运的航空机构。2009年，飞机起降量高达10万8672架次。机场配有最新技术的自动控制系统，可以在没有旅客时自动停止空调运转，升降系统可以自动测量下沉情况，在问题发生之前进行修正等。

座落在伊势湾内的中部国际空港于2005年 2月对外开放，是名古屋市的主要机场。机场的目标是建设一个不论年龄或是否残障，谁都可以方便利用的机场。还致力于通用设计，从电车站台不需要移动到其他楼层，便可以直接通往出入境大厅等。

海洋运输

日本为了强化国际竞争力，2004年指定东京港、横滨港、名古屋港、四日市港、大阪港和神户港6个港湾为“超级中枢港湾”。完善了集装箱码头功能，在革新物流系统的同时，提高服务质量，削减成本。

日本的港湾还致力于环保对策，为了利用环境负荷小、运输能力大的船舶高效率流通回收资源，将全国的21个港口指定为综合废弃物再生物流基地港口。在指定的港口可以直接完成可再生资源的回收、处理以及残渣销毁。另外，为了积极吸引国际观光游船，还完善了鹿儿岛港、别府港等全国9处港口的客运码头。